Главна афричка река је Нило, која држи рекорд по другој најдужој реци на свету. Рођен је у Бурундију и има две главне притоке, Бели Нил и Плави Нил. Први прелази подручје афричких Великих језера, од Руанде, преко Танзаније, Уганде и Судана. Други пролази кроз Етиопију и Судан.
У близини Картума, главног града Судана, канали се спајају и почиње северни део реке, који протиче кроз Судан и Египат. Египатска цивилизација је зависила од речне воде за свој развој још од фараонских времена, а чак и данас се главни градови земље налазе у долини Нила и зависе од ње за пројекте наводњавања као што је Асуанска брана. Његова уста формирају делту, талажући своје воде у Медитеран. Његов хидрографски слив покрива око 10% афричке површине.
Друга најважнија река на континенту је Конго . Дуга је преко 4.000 километара. Њене воде и притоке теку кроз другу највећу тропску кишну шуму на свету после Амазона. Бразавил, главни град Републике Конго, и Киншаса, главни град Демократске Републике Конго, налазе се на обалама реке, која је лако пловна, посебно на делу између ова два града. Улива се у Атлантски океан кроз естуар.
Река Нигер у западној Африци је такође дугачка преко четири хиљаде километара . Извире у Гвинеји и тече кроз Мали, Нигер, Бенин и Нигерију, уливајући се у велику делту на Атлантском океану. Пловна је у одређеним областима, што је чини ефикасним превозним средством између земаља које пресеца. Бамако, главни град Малија, је речни мост преко Нигера.
Река Замбези се налази у јужном делу континента. Дуга је нешто више од 2500 километара . Извире у Замбији, тече кроз Анголу, Зимбабве и Мозамбик, где се улива у Индијски океан, формирајући огромну делту. Њен ток повремено прекидају брзаци и водопади, тако да је пловна само кратким деоницама. Најзначајнији прекид у њеном току су Викторијини водопади, највећи водопад на свету и део светске баштине УНЕСКО-а. Њене воде се такође користе за производњу хидроелектричне енергије.
У Јужној Африци, река Лимпопо, дуга 1600 километара, протиче кроз ту земљу и Мозамбик пре него што се коначно улије у Индијски океан.